由于蓮子開花的時刻有早、有晚，為此有必要進行分批采收。蓮子采收要當令，不宜過早，也不宜過晚。過早采收，蓮子尚嫩，含水量大，晾干后易干癟，且質量差，產值低；過晚采收，一方面蓮子易被風吹而搖落到水中，然后造成損失；另一方面，蓮子果皮變得堅硬，不易進行剝殼加工。蓮子當令采收的觀感是：蓮蓬出現青褐色，蓮孔張開，邊緣帶黑色，蓮子果皮出現灰黃或灰褐色，子粒飽滿等。

蓮子分批成熟，在長江流域一般在7月份采收首批蓮子，由于此時采收的果實是在黃梅天氣發育成熟的，所以稱為“梅子”，亦稱“梅蓮”，又由于此為首批蓮子，所以又稱“早子”、“報訊子”梅子一般在開花后30~40天到達采收成熟，由于這時溫度較高，所以蓮子成熟較快，一般每隔2~3天即要采收1次8~9月份采收的蓮子，果實是在伏天發育成熟的，所以稱為伏子”，也稱“伏蓮”。

伏子一般在開花后30~35天到達采收成熟，因受到暴曬，蓮蓬色澤偏黑。伏子在高溫、干旱的伏天成熟很快，所以也應每隔2~3天采收1次。伏子粒大飽滿，質量好，產值高，其產值約占蓮子總產值的65%~70%。9月下旬至10月份采收的蓮子，果實是在秋天里發育成熟的，所以稱為“秋子”，亦稱“秋蓮”。秋子發育成熟過程中氣溫較低，陽光也不是那么強烈，蓮蓬不易發黑，只需變成青褐色，蓮孔張開，邊緣稍帶黑色，即可采收。秋子成熟慢，可每隔5~7天采收1次。秋子顆粒較小，質量稍差，產值一般占總產值為20%~30%。

采收蓮子時，可每2~3米開一條路，每次采收沿同一道路進行，用手摘下蓮蓬，或用帶柄的小鉤鉤下蓮蓬，帶至田外，剝出蓮子。采收深水蓮，當水位達70~80厘米時，須撐小船采收。采收時，1人在船尾撐船緩行，1人站立船前部用帶柄小鉤將蓮蓬鉤下。深水蓮子的栽培條件不及淺水蓮，所以產值也一般沒有淺水子蓮高，并且質量也一般不及淺水子蓮。

蓮蓬采收后，要盡快地脫出蓮子，并薄薄地攤到場地上暴曬，每天上下翻動2~3次，約經5~7天，當蓮子能脫離殼皮時，即為干燥。晾干的帶殼蓮子叫干殼蓮，可將干殼蓮裝人麻袋中儲藏，具體方法是：取麻袋數條，并將其晾干，然后將干殼蓮裝人麻袋中，置于陰涼干燥處，下墊一層20厘米厚的干谷殼，再鋪上油氈和蘆席防潮，并且在儲藏過程中要避免雨雪等侵襲，如此可進行長時間儲藏。

蓮子去殼、去嫩皮和除去蓮心后，剩下的蓮肉，稱為通心蓮子通心蓮子儲藏期間簡單吸濕發霉和生蟲，因此應注意儲藏在低溫通風和干燥的環境中。少量儲藏時，可每50千克干通心蓮子用干辣蓼草2千克，墊到容器內下部，然后裝入蓮子并加蓋封口，這樣可保存到第二年新蓮子上市，一般不生蟲、不發腐大量儲藏可用麻袋等盛裝放入低溫冷庫中儲藏。